관세청, 수정수입세금계산서 발급 제도 운영 개선을 위한 전문가 간담회 개최

다음은 관세청이 발표한 보도자료를 바탕으로 작성된 상세하고 포괄적인 요약입니다.

1. 핵심 요약

관세청은 2025년 10월 14일 서울세관에서 학계, 법조계, 관세업계 등 외부 전문가들과 함께 '수정수입세금계산서 발급 제도'의 운영 개선을 위한 간담회를 개최했습니다. 이 간담회는 2023년 1월 1일 시행된 부가가치세법 개정으로 수정수입세금계산서 발급이 원칙화되었으나, 미발급 기준에 대한 명확한 세부 요건이 부족하여 납세자들의 예측 가능성이 떨어진다는 문제의식을 해소하기 위해 마련되었습니다. 관세청은 이번 간담회에서 논의된 내용을 바탕으로 금년 중 부가가치세법상 미발급 요건에 대한 명확한 운영 가이드라인을 마련하여, 법적 안정성을 높이고 공정하며 예측 가능한 관세행정 서비스를 제공할 계획입니다.

2. 주요 내용

1. 전문가 간담회 개최: 관세청은 2025년 10월 14일 화요일 오후 2시 30분부터 4시 30분까지 서울세관에서 '수정수입세금계산서 발급 제도 운영 개선 간담회'를 개최했습니다. 이 자리에는 관세청 손성수 심사국장을 비롯한 내부 관계자 9명과 교수, 관세사회, 변호사, 관세사 등 외부 전문가 11명이 참석하여 총 20명의 전문가가 모여 제도의 현황을 점검하고 개선 방안을 논의했습니다.

2. 제도 개선의 필요성 제기: 수정수입세금계산서는 수입 물품에 대한 부가가치세 납부 후 세액이 변경될 때 발급되는 증빙 서류입니다. 2023년 1월 1일 부가가치세법 개정으로 수정수입세금계산서 발급이 원칙화되었으나, 특정 사유 발생 시 발급을 제한하는 '미발급 기준'에 대한 세부 요건이 불명확하여 납세자들이 제도의 적용을 예측하기 어렵다는 의견이 지속적으로 제기되어 왔습니다. 이러한 불확실성은 납세자의 혼란과 행정 부담을 가중시키는 요인으로 작용했습니다.

3. 2023년 부가가치세법 개정 내용: 개정된 부가가치세법 제35조 및 시행령 제72조에 따르면, 세관장이 세액을 결정(경정)하거나 납세자가 수정신고하는 경우 수정수입세금계산서가 원칙적으로 발급됩니다. 다만, 관세포탈, 부정한 행위, 또는 대통령령으로 정한 중대한 잘못이 있는 경우에는 미발급 대상이 됩니다. 여기서 '중대한 잘못'은 ① 특수관계거래(특정 관계에 있는 당사자 간의 거래) 자료 요구 미제출 또는 거짓 제출, ② 관세조사 등 결과 통보 후에도 같은 오류를 다음 신고 시 반복하는 경우, ③ 보정통보(세액 정정을 요구하는 통보)에도 불구하고 보정/수정을 하지 않는 경우, ④ 가격신고 사항이나 과세자료 내용에 중대한 하자가 있는 경우(착오나 경미한 과실 제외) 등 구체적인 4가지 경우를 포함합니다.

4. 간담회 주요 논의 및 공감대 형성: 간담회 참석자들은 '미발급 대상'에 대한 법령의 실질적인 해석과 실제 적용 방안에 대해 심도 있는 토론을 진행했습니다. 특히, '미발급 요건'에 대한 구체적이고 명확한 가이드라인을 마련하는 것이 시급하다는 점에 대해 모든 참석자가 공감대를 형성하며, 납세자의 예측 가능성을 높이는 것이 중요하다고 입을 모았습니다.

5. 외부 전문가의 우려 및 제언: 간담회에 참석한 외부 전문가는 수정수입세금계산서 발급 제한이 완화될 경우 수입신고의 성실성을 담보하기 어려워 과세 회피 위험이 높아질 수 있다는 우려를 표명했습니다. 이에 따라 법령상 미발급 조항에 대한 철저한 법리 검토를 통해 실무에 적용 가능한 기준을 신중하게 마련해야 한다고 제언하며, 제도의 안정적인 정착을 위한 면밀한 접근을 강조했습니다.

6. 관세청의 입장 및 정책 방향: 손성수 관세청 심사국장은 이번 간담회를 통해 수렴된 다양한 외부 의견을 바탕으로 수정수입세금계산서 발급 제도를 합리적으로 운영하겠다고 밝혔습니다. 이를 통해 법적 안정성을 높이고 성실납세 신고 문화를 정착시키는 데 심사행정 역량을 집중할 것이라고 강조하며, 공정하고 예측 가능한 관세행정 서비스 제공을 최우선 목표로 삼겠다고 피력했습니다.

7. 수입 물품의 수입세금계산서 발급 체계: 국내 거래와 유사하게, 수입 거래에서는 세관장이 수입신고 건별로 부가가치세를 징수하고 그 증빙으로 수입세금계산서(Tax Invoice)를 발급합니다. 해외 공급자는 국내 사업자가 아니므로 직접 세금계산서를 발급할 수 없기 때문입니다. 이후 수입신고에 따른 부가세 납부 및 수입세금계산서 발급이 이루어진 후, 자발적인 수정신고나 탈루 추징 등으로 인해 세액 변경이 발생할 경우 '수정수입세금계산서'가 발급되는 체계로 운영됩니다.

3. 배경 및 목적

이번 간담회 개최의 배경은 2023년 1월 1일부터 시행된 부가가치세법 제35조 및 동법 시행령 제72조의 개정에서 비롯됩니다. 이 개정안은 수정수입세금계산서의 발급을 원칙으로 하되, 관세포탈, 부정한 행위, 또는 대통령령으로 정한 '중대한 잘못'이 있는 경우에는 발급을 제한하는 예외 규정을 신설했습니다. 그러나 '중대한 잘못'을 포함한 미발급 기준에 대한 세부적인 해석과 적용 요건이 명확하게 제시되지 않아, 실제 현장에서 납세자들이 제도의 적용 여부를 예측하기 어렵다는 문제점이 지속적으로 제기되어 왔습니다. 이러한 불확실성은 납세자의 혼란을 야기하고, 불필요한 행정적 분쟁의 소지를 만들며, 관세행정의 투명성과 신뢰도를 저해할 수 있다는 우려가 있었습니다.

따라서 관세청은 이러한 문제의식을 해소하고, 제도의 합리적이고 예측 가능한 운영 방안을 모색하기 위해 이번 전문가 간담회를 마련했습니다. 간담회의 궁극적인 목적은 불명확한 미발급 기준에 대한 구체적인 가이드라인을 수립하여 납세자의 예측 가능성을 높이고, 법적 안정성을 확보하는 것입니다. 이를 통해 성실한 납세 문화를 정착시키고, 공정하고 투명한 관세행정 서비스를 제공함으로써 납세자와 관세당국 모두에게 이익이 되는 방향으로 제도를 개선하고자 합니다.

4. 세부 추진 내용

관세청은 수정수입세금계산서 발급 제도의 운영 개선을 위해 다각적인 접근 방식을 취하고 있습니다. 첫 번째 단계로, 2025년 10월 14일 개최된 전문가 간담회는 학계, 법조계, 관세업계 등 다양한 분야의 외부 전문가들을 초빙하여 현행 제도의 문제점을 진단하고 실질적인 개선 방안에 대한 폭넓은 의견을 수렴하는 중요한 자리였습니다. 이 간담회에서 '미발급 대상'에 대한 실질적인 해석과 적용 방안, 그리고 '미발급 요건'에 대한 구체적인 가이드라인 마련의 필요성에 대한 공감대가 형성되었습니다.

이러한 전문가 의견 수렴을 바탕으로, 관세청 심사국은 부가가치세법에서 규정하는 미발급 요건에 대한 명확한 운영 가이드라인을 '금년 중'으로 마련할 계획입니다. 이 가이드라인은 법령상 미발급 조항에 대한 심층적인 법리 검토를 거쳐, 실제 관세행정 현장에서 적용 가능한 구체적인 기준과 절차를 제시할 예정입니다. 특히, '중대한 잘못'과 같은 추상적인 개념을 명확히 정의하고, 각 사례별 적용 기준을 상세하게 명시하여 납세자들이 제도를 쉽게 이해하고 준수할 수 있도록 할 것입니다. 이를 통해 관세청은 공정하고 예측 가능한 관세행정 서비스를 제공하고, 납세자의 불확실성을 해소하는 데 주력할 것입니다.

5. 기대 효과

이번 수정수입세금계산서 발급 제도 운영 개선을 통해 여러 긍정적인 효과가 기대됩니다. 첫째, 미발급 기준에 대한 명확한 가이드라인이 마련됨으로써 납세자들은 제도의 적용 여부를 사전에 예측할 수 있게 되어, 사업 계획 수립 및 세무 처리 과정에서의 불확실성이 크게 감소할 것입니다. 이는 납세자의 예측 가능성을 높여 안정적인 경제 활동을 지원하는 기반이 됩니다. 둘째, 법적 안정성이 제고되어 관세행정의 투명성과 신뢰도가 향상될 것입니다. 명확한 기준은 자의적인 해석과 적용을 방지하고, 납세자와 관세당국 간의 불필요한 분쟁을 줄이는 데 기여할 것입니다. 셋째, 성실납세 신고 문화가 더욱 확고히 정착될 것으로 기대됩니다. 예측 가능한 제도는 납세자들이 자발적으로 성실하게 신고하도록 유도하며, 이는 전체적인 세수 확보에도 긍정적인 영향을 미칠 것입니다. 궁극적으로는 공정하고 예측 가능한 관세행정 서비스를 통해 수혜 대상인 모든 수입업체 및 관련 이해관계자들에게 보다 효율적이고 신뢰할 수 있는 환경을 제공할 것입니다.

6. 향후 계획

관세청은 이번 전문가 간담회에서 수렴된 다양한 의견과 제언을 바탕으로 수정수입세금계산서 발급 제도의 합리적인 운영을 위한 구체적인 후속 조치를 신속히 추진할 계획입니다. 가장 중요한 향후 계획은 '금년 중'으로 부가가치세법에서 규정하는 미발급 요건에 대한 명확한 운영 가이드라인을 마련하는 것입니다. 이 가이드라인은 법리 검토와 실무 적용 가능성을 종합적으로 고려하여 수립될 것이며, 이를 통해 납세자들에게 공정하고 예측 가능한 관세행정 서비스를 제공하는 것을 목표로 합니다. 가이드라인이 마련된 이후에는 관련 내용을 적극적으로 홍보하고 교육하여 납세자들이 새로운 기준을 명확히 인지하고 준수할 수 있도록 지원할 예정입니다. 또한, 관세청은 가이드라인 시행 이후에도 지속적인 모니터링과 피드백 수렴을 통해 제도의 미비점을 보완하고, 변화하는 경제 환경과 법규에 맞춰 제도를 지속적으로 개선해 나갈 방침입니다.